Im Unterschied zum Verfahren im Fall Magdeburgs und der anderen reformierten Hochstifte wurde für das Hochstift Straßburg aufgrund des noch nicht beigelegten Konflikts zwischen Kardinal Karl von Lothringen und Markgraf Johann Georg von Brandenburg um den Bischofssitz sowie des Streits des konfessionell gespaltenen Domkapitels keine der Parteien zum Reichstag geladen, also weder einer der beiden rivalisierenden Prätendenten noch das Domkapitel46. Obwohl das Hochstift damit beim Reichstag 1594 offiziell nicht vertreten war, strahlte die Problematik auf die dortigen Verhandlungen aus, zumal sich für Administrator Johann Georg ein Gesandter zu akkreditieren versuchte47 und sich Kardinal Karl von Lothringen als Bischof von Metz vertreten ließ. Zwar wurde die Auseinandersetzung um die Straßburger Session im Fürstenrat nach einer heftigen Kontroverse in dessen erster Sitzung unterbunden, indem man beide Seiten zum Verzicht auf die weitere Teilnahme veranlasste48, doch beteiligte sich der Vertreter Administrator Johann Georgs weiterhin an den Verhandlungen der protestantischen Stände und legte dort Eingaben vor. Zudem fand die Sessionsforderung für den Straßburger Administrator – implizit wie im Magdeburger Fall im Sinne einer Aufhebung des Geistlichen Vorbehalts – Eingang in die protestantischen Gravamina49 und auf der Gegenseite über den lothringischen Gegenbericht50 in die katholischen Beschwerden51. Die diesbezüglichen Verhandlungen während des Reichstags rekurrieren vielfach auf die kaiserlichen Vermittlungsbestrebungen im Straßburger Konflikt seit 1593, die damit ebenfalls zu den Versuchen gehören, ein weiteres Problemfeld vor der Reichsversammlung möglichst weitgehend zu eliminieren, und die deshalb an dieser Stelle knapp zusammengefasst werden.

Für die Beilegung des bewaffneten Konflikts zwischen Kardinal Karl von Lothringen als vom katholischen Domkapitel erwählter Bischof und Johann Georg von Brandenburg als von den protestantischen Domherren elegierter Administrator (Doppelwahl 1592)52 hatte der Kaiser zunächst im Juni 1592 Erzherzog Ferdinand II. von Tirol, hier als Oberlandvogt der habsburgischen Landvogtei Elsass, als Kommissar eingesetzt. Da der Erzherzog und dessen subdelegierte Verordnete von Administrator Johann Georg, dem protestantischen Kapitel und der Stadt Straßburg als Vermittler abgelehnt wurden, mussten sie am 29. 6. 1592 das Scheitern dieser Kommission erklären53. Nachdem das Haus Brandenburg nachfolgend die Tätigkeit einer weiteren, sogenannten Nebenkommission gebilligt hatte54, besetzte der Kaiser sie mit den österreichischen Räten Adam Gall Popel von Lobkowitz, Hans Christoph von Stadion sowie Dr. Michael Textor und gebot am 16.11.1592 beiden Parteien die Niederlegung der Waffen55. Die Verhandlungen der Kommissare mit Administrator Johann Georg, dem protestantischen Kapitel und der Stadt Straßburg auf der einen sowie mit Kardinalbischof Karl und dem katholischen Kapitel auf der anderen Seite56 führten zunächst zur Pazifikation vom 19. 2. 159357 und schließlich in etwas erweiterter Form zum Abschied der Kommissare vom 27. 2. 159358 als Waffenstillstand. Beide Dokumente verwiesen eingangs auf die bisherigen Mandate und Friedensgebote des Kaisers, in deren Rahmen er bereits die ordentliche reichsfürstliche Kommission berufen hatte, der die nachfolgende Regelung der im Waffenstillstand nur provisorischen Lösung des Konflikts oblag. Bis zur Entscheidung der Kommission über die künftige Administration des Hochstifts wurden dessen im Einzelnen namentlich aufgeführte Ämter und deren Einkünfte zwischen Bischof Karl und Administrator Johann Georg einerseits sowie den katholischen und protestantischen Domkapitularen anderseits aufgeteilt mit der Maßgabe, sie später an die Kommission abzutreten. Bis dahin bestand die Verpflichtung, die Untertanen „in altem stannd ohne einige prophanation in freyheidt eines jeden gewissens […], er seye geistlichen oder weldtlichen stanndts, unndt also einen bei dem andern nach jeder religion“ zu belassen, die Kampfhandlungen einzustellen, etwaige Forderungen der künftigen Kommission vorzubringen, sich dieser zu unterstellen und deren Entscheidung anzuerkennen.

Der im Waffenstillstand angesprochenen, bereits zuvor nominierten, paritätisch besetzten Hauptkommission für die Klärung des Hochstiftskonflikts gehörten an: Kurfürst Wolfgang von Mainz, Kuradministrator Friedrich Wilhelm von Sachsen, Erzherzog Ferdinand II. von Tirol, Bischof Julius von Würzburg, Pfalzgraf Philipp Ludwig von Neuburg und Landgraf Ludwig von Hessen-Marburg59.

Die Verhandlungen von deren subdelegierten Räten mit den Verordneten der Straßburger Parteien in Speyer ab 29. 3. 1593 wurden bereits mit dem Zwischenabschied vom 13. 4. 1593 unterbrochen60. Der Abschied61 hielt die Klagen und Gegenklagen beider Seiten wegen der jeweiligen Verstöße gegen den Waffenstillstand im Detail fest, wobei auch die Differenzen um die Klöster Hohenburg und Niedermünster ausführlich zur Sprache kamen. Da die Kommission gemäß dem Waffenstillstand vom 27. 2. jetzt vorrangig auf der Abtretung der Stiftsgüter an sie als Sequester bestand, die Parteien aber Einwände dagegen vorbrachten und das Osterfest bevorstand, wurden die Verhandlungen bis 11. 5. 1593 prorogiert. Bis dahin hatten beide Seiten die Vorgaben des Waffenstillstands vollumfänglich zu vollziehen und in den ihnen bisher zugewiesenen Stiftsämtern die Voraussetzungen dafür zu schaffen, dass bei der Fortsetzung der Kommission die Abtretung ohne weitere Einwände möglich war und die Kommissare die Verwaltung des Hochstifts übernehmen konnten. Folgt man dem Schlussbericht der subdelegierten Räte an den Kaiser62, waren es die Vertreter Administrator Johann Georgs, die sich gegen die Abtretung von dessen Ämtern sträubten und zudem den Abschied nur auf Hintersichbringen annahmen. Die Fortsetzung der Kommission ab 11. 5. 1593, unterbrochen durch eine längere Verhandlungspause im Juni, verlief bis zum Abschied vom 21. 7. 1593 erneut erfolglos63, weil Administrator Johann Georg und das protestantische Domkapitel die „Zession“ ihrer Stiftsgüter an die Kommissare endgültig ablehnten. Der Abschied64 konstatierte lediglich, die der Kommission vorgegebene Zielsetzung habe trotz aller Bemühungen nicht erreicht werden können. Er vertagte die Verhandlungen bis 15. 11. 1593 nach Frankfurt und gebot beiden Seiten bis dahin die Beachtung des Waffenstillstands65.

Bereits im Vorfeld des Frankfurter Tages bemühte sich das gesamte Haus Brandenburg bei Kurfürst Wolfgang von Mainz um einen weiteren Aufschub des Termins, um die Erörterungen möglichst bis zum Reichstag zu verzögern. Da der Kaiser und Kurmainz dies ablehnten, sagten Administrator Johann Georg und das protestantische Domkapitel die Teilnahme ab. In Frankfurt erschien lediglich ein Verordneter der Stadt Straßburg, der bereits nach wenigen Tagen ebenso vorzeitig abreiste wie die Delegierten Kardinal Karls, die am 16. 11. 1594 angekommen waren. Nachdem außerdem seitens der Kommissare Friedrich Wilhelm von Sachsen aufgrund der absehbaren Absenz einer der Parteien die Beschickung verweigert hatte, beschränkten sich die von Kurmainz verspätet am 20. 12. 1593 eröffneten Verhandlungen auf die Festlegung eines neuerlich vertagten Kommissionstermins für 22. 5. 1594 wieder nach Frankfurt66, der den Konfliktparteien sowie Friedrich Wilhelm von Sachsen bekannt gegeben wurde.

Letztlich scheiterte auch dieser Termin: Kurfürst Wolfgang von Mainz sagte den Kommissionstag am 14. 4. 1594 ab, weil der Kuradministrator von Sachsen Bedenken hatte, in der zu erwartenden Abwesenheit einer oder beider Parteien daran mitzuwirken. Eine neue Terminierung wurde mit dem Absageschreiben nicht mitgeteilt67. Eine Lösung vor dieser Kommission schien ohnehin nicht mehr realisierbar, weil die Fürsten des Hauses Brandenburg ebenfalls mit Schreiben vom 14. 4. 1594 klarstellten68, sie würden sich an keiner weiteren kommissarischen Verhandlung beteiligen, falls es dort wie bisher lediglich um die Abtretung des Hochstifts an die Kommission und nicht um die hauptsächliche Klärung des Konflikts zu tun sei. Davon abgesehen lehnten sie den Frankfurter Termin in Anbetracht des bevorstehenden Reichstags als zu kurzfristig ab.

Damit konnte neben der Magdeburger Frage ebenso der Straßburger Konflikt vor dem Reichstag nicht beigelegt werden, wenngleich dessen Auswirkungen auf die dortigen Verhandlungen weniger gravierend waren, aber gleichwohl als eines der zentralen konfessionspolitischen Probleme erheblich zur angespannten Atmosphäre beitrugen.